Le Service public de Wallonie est l’autorité compétente pour le contrôle de Natura 2000. Plusieurs départements de l’administration sont impliqués. Le Département de la Nature et des Forêts et le Département de la Police et des Contrôles sont habilités à vérifier « sur le terrain » le respect de la réglementation relative à Natura 2000. Le Département des Aides est responsable des contrôles administratifs relatifs aux demandes d’indemnités Natura 2000. En cas d’infraction, des réductions d'indemnités, des exclusions ou des pénalités sont prévues.
