Avant tout, un agriculteur bénéficiant des aides MAE est tenu de respecter la conditionnalité, c’est-à-dire les bonnes pratiques agricoles et environnementales, ainsi que la réglementation en matière de gestion. Le principe de l’agroenvironnement consiste précisément à couvrir le coût d’un « effort spécifique » qui va au-delà de ces obligations.
Suite à la réforme de la politique agricole commune, une conditionnalité « améliorée », appelée aussi verdissement, est entrée en application le 1er janvier 2015. Par ailleurs, l’agriculteur engagé dans une MAE est amené à respecter le cahier des charges relatif à chaque méthode. Pour les méthodes ciblées, ce cahier des charges est défini par un conseiller en concertation avec l’agriculteur.