Die Umsetzung von Natura 2000 geht zurück auf die Verabschiedung von zwei europäischen Richtlinien: Die Vogelschutzrichtlinie, die 1979 verabschiedet wurde, und die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (oder FFH-Richtlinie), die 1992 verabschiedet wurde. Jeder Mitgliedsstaat der Europäischen Union (EU) ist dazu angehalten, diese beiden Richtlinien in nationales Recht umzusetzen. Die EU überprüft alle 6 Jahre, ob die Staaten die Zielsetzungen der Richtlinien erfüllen.
2001 hat die Wallonie die Umsetzung von Natura 2000 in die Wege geleitet. Die europäischen Richtlinien wurden anhand des Dekrets vom 6. Dezember 2001 über die Erhaltung der Natura-2000-Gebiete in wallonisches Recht umgesetzt. Die Gebiete wurden anhand von biologischen (Vorkommen von Lebensräumen und Arten) und strukturellen (Topografie und hydrografisches Netz) Kriterien ausgewählt. Anschließend wurden sie einer präzisen Kartierung, die derzeit noch andauert, unterzogen. Die acht ersten Natura-2000-Bezeichnungserlasse wurden 2009 von der wallonischen Regierung verabschiedet.
Ende 2012 bis Anfang 2013 fand eine öffentliche Untersuchung für alle von Natura 2000 betroffenen Bürger statt.
Alle Bezeichnungserlasse sind nun in Kraft getreten und alle Bewirtschaftungsmaßnahmen (allgemeine und Sondermaßnahmen) gelten in der gesamten Wallonie.